La denúncia contra Josep Gené Puiggené és del 3 de març de 1939, i la fa un destacat membre de la Falange de Tàrrega, que realitza tasques de vigilància a Barcelona, amb l’objectiu de reconèixer i denunciar els targarins més o menys compromesos amb la República i les esquerres, que havien abandonat la ciutat poc abans de l’entrada de les tropes franquistes.

La denúncia implica Josep Gené, “el de la parada del Bruchs”, en la participació de “algunos asesinatos”, i afirma que se sap “a ciencia cierta”, que fou l’autor de l’assassinat del religiós Dr. Llobet. Diu també que, juntament amb altres membres del comitè de milícies, “se personó con el mismo propósito en el domicilio de Antonio Secanell Aparicio, que era diputado nacionalista”.

El denunciant titlla tots els membres del Comitè de Milícies Antifeixistes de Tàrrega d’assassins i amics íntims de Josep Gené. Informa que va ingressar voluntari al cos dels Carrabiners i que en va esdevenir cap. El dos d’abril de 1939, es ratifica en aquesta declaració davant del jutge militar.

L’informe de l’alcalde de Tàrrega, Ramon Sala, al jutge militar, ve a dir el mateix que la primera acusació, però evita una denúncia directa i contundent. Curiosament, l’informe d’alcaldia acaba amb aquesta frase: “Políticamente militaba en las filas del P.O.U.M. y por tanto sus ideas en el orden social eran en extremo avanzadas.”

L’informe del delegat de Falange de Tàrrega al Jutge Militar és acusatori i implica el Josep Gené en un nou assassinat: el del mossèn de la parròquia d’Ossó de Sió als Cups del Codina del Talladell, al qual comenta que se’l va detenir en un control fet davant del cementiri de Tàrrega. Aquesta nova acusació es basa en: “Que se sabe también porque se dijo por el pueblo que el tal Gené cogió a un cura…” Una acusació sense proves concretes i basant-se en comentaris i rumors de carrer. Aquesta nova acusació la repetiran al peu de la lletra la resta dels testimonis citats a declarar. 

El “Jefe de Puesto” de la Guàrdia Civil de Tàrrega ressalta del Josep Gené, en el seu atestat, la vinculació amb el sindicat de la UGT i l’incrimina en la mort del doctor Josep Llobet i de quatre religiosos més, sense concretar qui eren, ni quan. La resta de declaracions dels testimonis segueixen el relat i les acusacions del delegat de Falange.

El sis de juliol de 1939, a Cervera, el jutge militar pren declaració durant quinze minuts a Josep Gené. Ell reconeix haver estat milicià i haver realitzat serveis de control i escorcolls amb armes. Reconeix la seva militància al POUM, a l’Aliança Obrera i a la UGT, i que durant la guerra es va allistar voluntari al cos dels Carrabiners. 

El Josep nega haver participat en la detenció i en l’assassinat del religiós doctor Llobet. Nega haver detingut el mossèn d’Ossó de Sió i haver-lo assassinat als Cups del Codina. Nega també l’acusació d’haver participat en cap detenció o assassinat amb el cotxe de la mort. 

El tribunal militar dicta sentència l’11 de desembre de 1939:

“Año de la Victoria. Examinada la Sentencia recaída en la presente causa, que condena al procesado José Gener Puiggener, a la pena de MUERTE, como responsable de un delito de rebelión militar.” 

“Acuerdo aprobar la anterior sentencia que declaro firme y ejecutoria y comuníquese la pena impuesta, al Excmo. Sr, Ministro del Ejército, a los efectos del enterado de S. E. El Generalísimo o resolución de conmutación de pena.” El Auditor.

El 25 d’abril de 1940, el general i cap d’estat Francisco Franco  dona el “enterado” que confirma la pena de mort i el 30 d’abril de 1940 el Josep Gené Puiggené és afusellat a la tanca del cementiri de Lleida. 

Aquell mateix dia és enterrat al cementiri de Lleida, en una fossa especial, a vuit metres i vuitanta centímetres de la cuneta, i a dos metres de profunditat.

El Josep Gené Puiggené fou una més de les víctimes del càstig de Franco contra Catalunya. Dels 78.331 processats en consell de guerra a Catalunya, 3.358 van ser executats amb el vistiplau de l’“enterado” del dictador.